Памир является коллекцией минеральных вод, которая состоит из 72 холодных, теплых и горячих источников различного химического состава, насыщенных углекислым или азотным газами. Большинство источников расположено в глубоких долинах рек. Преимущественное распространение имеют углекислые воды, среды которых в виде локальных участков разгружаются азотные термы. По химическому составу среды углекислых вод можно выделить воды трех типов: типа ессентуков (Вяздара, Чурж, Гармчашма, Андероб, Баршор, Дараистаж, Авдж, Удит, Даршай, Инив); нарзанов (Дустироз, Ривак, Немац, Хозгуни, Жунт, Сист, Нерхун, Сарышитхарв, Вранг, Ширгин); боржоми (Ачикташ, Бахтиер, Джартыгумбез, Михманджулы, Бахмыр). В каждом типе вод имеются холодные (до 20*С), теплые и горячие источники с температурой от 35*С до 62*С, как например, Гармчашма, Авдж, Даршай, Ширгин, Джартыгумбез, Бахмыр. Горячие воды поступают на поверхность земли из глубоких тектонических разломов, холодные и теплые - из более мелких трещин и характеризуются неглубокой циркуляцией в земной коре. К некоторым источникам можно подъехать на автомашине, к другим ведут только тропы. На углекислых горячих источниках Гармчашма, Башор и Шахдара образуются травертины - известковые отложения натечной формы. Особенно красивы они на источнике Гармчашма, расположенном в 35 километрах от Хорога вверх по притоку реки Пяндж - реки Ростоудара. Источник Гармчашма находится на правом берегу этой реки на высоте 2325 метров над уровнем моря. Источник заметен издалека благодаря исключительной белизне травертинов. Травертины представляют длинный вал, ажурными уступами спускающийся к реке. По склонам его свешиваются как бы сросшиеся сталактиты, производящие впечатление застывших каскадов и каменных чаш. На уступах образуются естественные ванны с водой различной температуры (до 62*С). В 1957 году на источнике была построена водолечебница, ставшая затем бальнеологическим санаторием. Другой примечательный источник - Бахмыр, расположен на северном склоне хребта Муз-Таг ("Ледяная гора"), в верховьях долины реки Аксу, на высоте 4060 метров над уровнем моря. Источник отложил эффектный купол высотой в 16 метров, отчетливо видимый благодаря своей белизне и форме на большом расстоянии. На вершине его из углубления (3,5 х 2 х 0,5 м.) с большой силой выбивает вода и стекает по отвесной стене купола. Источник Шахдара находится в 88 километрах от Хорога, в верхнем течении реки Шахдара, на высоте 2700 метров над уровнем моря. Выход источника хорошо заметен по белому массиву травертинов, обрывающемуся у реки отвесной стеной 30-40 метров высотой. Источник выбивает со дна небольшого углубления в травертине и по трубе переправляется на другой берег, где используется в водолечебнице. Выходы азотных горячих вод связаны с глубокими тектоническими трещинами. К таким водам относятся источники Элису, Каук, Иссыкбулак (Яшилькуль), Джиланды, Токузбулак, Джаушангоз, Наспар и другие находящиеся преимущественно на Восточном Памире. Источник Элису обнаружен в долине реки Мургаб, в 43 км. к западу от районного центра Мургаб, на абсолютной высоте 3700 метров над уровнем моря. Он расположен на узкой правобережной пойме реки Элису (приток р.Мургаб), у подножия крутого склона и вытекает среди больших валунов в виде шести грифонов с температурой от 44*С до 63*С. Вода энергично выбивает со дна неглубоких воронок, увлекая с собой мелкий песок. Одновременно с водой поступает азот в виде мелких пузырьков. Источник Каук находится в долине реки Андеравдж (правого притока реки Гунт) на высоте 4200 метров над уровнем моря, почти у линии снегов. Здесь имеется несколько выходов, наибольшие - два, газирующие азотом и сероводородом. Температура воды 76*С, у мелких грифонов она изменяется от 54*С до 61*С. Источник Иссыкбулак расположен в широкой долине реки Аличур, в 2 км. выше места впадения реки в озеро Яшикуль, на абсолютной высоте 3900 метров над уровнем моря. Состоит из четырех грифонов, выходящих у подножия крутого гранитного массива. Грифоны вытянуты в одну линию вдоль реки, температура воды от 41*С до 43*С. Один из грифонов, расположенный поодаль от остальных, сильной струей выбивает из углубления в галечниках. Вода очень горячая (71*С), со слабым запахом и привкусом сероводорода. На этом грифоне выстроена примитивная баня-лечебница, широко известная среди местных жителей. Источник Джиланды находится на левом берегу реки Токузбулак, в 300 метрах к западу от кишлака Джиланды, на абсолютной высоте 3500 метров над уровнем моря. Семь грифонов, расположенных по одной линии, выбывают на левом берегу реки из небольших выемок, увлекая с собой азот. Температура воды в грифонах изменяется от 35*С до 67*С. Вода с наибольшей температурой используется местными жителями в лечебных и гигиенических целях. Здесь также построена - водолечебница, гостиница и парники для выращивания овощей. Источник Токузбулак состоит из 12 грифонов, выходящих на правом берегу одноименной реки, в 17 км. от устья, на высоте 3360 метров над уровнем моря. Наиболее крупных выхода - два, остальные многочисленными мелкими грифонами. Температура воды равна 36*С. Вода от источников образует ручей, соединенный с рекой. Примечателен этот источник тем, что в его воде обитают пресноводные моллюски (Mellannoides tuberculatus pamiricus sub Lindholmi) , живущие в настоящее время только в Африке и тропической Азии. Этот вид моллюска считался на Памире вымершим. Но оказывается, он пережил суровый климат ледникового периода и был обнаружен в источнике. Источник Наспар в долине реки Наспар (левого притока реки Джаушангоз), в 2,5 км. от ее устья, на абсолютной высоте 3840м. Он расположен на правом берегу реки, в 10-12 метрах от русла и представляет группу газирующих выходов на дне глубокого естественного бассейна. Все грифоны находятся под водой и фиксируются только по пузырькам периодически выделяющегося газа.