Ваханцы расселены на территориях ряда стран:
- в Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана в верховьях рек Пяндж и Памир — в Ваханской долине Ишкашимского района ГБАО;
- в Афганистане, в самой восточной части (район Вахан) афганской провинции Бадахшан на левобережье верхнего Пянджа и Вахандарьи (на склонах Ваханского хребта);
- в Пакистане на севере в долинах рек Ярхун, верхней Хунзы, Ишкуман в Читрале (Северо-Западная пограничная провинция) и в кашмирском районе Гилгит-Балтистан;
- в Синьцзян-Уйгурском автономном районе Китая в верховьях реки Яркенд и Сарыколе — в частности в округе Кашгар (в том числе в Ташкурган-Таджикском автономном уезде) в составе СУАР на западе КНР.